また、自由診療にかかる消費税や部位請求、窓口負担金の差額処理、返戻レセプトの計上方法などこの業界特有の会計処理も多くでてきます。治療院の税務調査では窓口現金収入や経費項目、人件費なども要注意です。窓口収入はできればそのまま銀行へ預け入れることをお勧めします。
また窓口現金とは別に「小口用現金」を用意してもらい現金払いの経費管理をしていくことも大切です。一方でどうしても院長の個人財布や個人通帳、カードからの経費も発生してしまいます。その場合、院の利用分と個人の利用分を明確に区分しておく必要もあります。
人件費では、従業員の扶養控除申告書、勤務実態の分かるタイムカード、給与明細をとっておくことが重要です。奥さんを専従者給与にとる場合、その給与額が勤務実態と即して妥当であるか、また副業がある場合の副業とのかねあいも問題となります。さらに専従者給与をとる場合その給与額にかかわらず配偶者控除はとれなくなることも忘れてはなりません。

また開業前の準備期間に支払った経費も一定のものについては開業費として毎年繰り延べ処理することが可能です。
日々の経理のポイントとしては、毎日A4枚の紙を使って、右側にその日の窓口収入としてレジの集計表を貼ってその下に合計金額をペン書きする。左側には小口現金の領収書を貼って出入り金額をペン書き、これを連続して毎日繰り越していく方法をお勧めします。
最後になりましたが、スタートにあたっては、当面の収支のアウトラインを決めましょう。
まず実現可能な月商額を決めて、毎月の経費（家賃、人件費、その他経費）及び借り入れがある場合は毎月の返済額がその月商額の8割程度に収まるように設定しましょう。
最初は「無理のない経営」より始めていくことお勧めします。

日々の経理のポイントとしては、毎日A4枚の紙を使って、右側にその日の窓口収入としてレジの集計表を貼ってその下に合計金額をペン書きする。左側には小口現金の領収書を貼って出入り金額をペン書き、これを連続して毎日繰り越していく方法をお勧めします。
最後になりましたが、スタートにあたっては、当面の収支のアウトラインを決めましょう。
まず実現可能な月商額を決めて、毎月の経費（家賃、人件費、その他経費）及び借り入れがある場合は毎月の返済額がその月商額の8割程度に収まるように設定しましょう。
最初は「無理のない経営」より始めていくことお勧めします。

「他の院に比べて人件費がかかりすぎていないか？」「同立地の他の院の１日の平均患者数はどのくらいなのか？」「冬場の落ち込みをどのようにカバーしているのか？」といった疑問に、多くの治療院に関与させていただいている税理士事務所として適切なアドバイスをさせていただいております。
増患がかつてほど大きく見込めないこの時代、固定費の圧縮はどの院でも大きな課題です。余計な支出を極力減らしてまずは利益の出る体質をつくりだすことが大切です。
また患者にとって選択肢が大きく広がっている現代、コストを抑えた保険中心院でいくのか、ハリなどのコンセプト型の特殊院でいくのか、高付加価値の自費中心院でいくのか、サイト集客による自賠責特化型でいくのか、といった方向性を見定めるのも大事なことかもしれません。